Door de evolutie heen hebben planten en dieren verdedigingsmechanismen ontwikkeld, waaronder chemische afweermiddelen en toxines, tegen aanvallende organismen. Op hun beurt hebben de aanvallende organismen mechanismen ontwikkeld die hen in staat stellen om de verdedigingschemicaliën van hun gastheren te ontgiften of anderszins te weerstaan. Het lijkt er dus op dat de meeste plaagsoorten al genen bevatten die hen in staat stellen om enzymatisch af te breken of anderszins de toxische effecten van veel soorten chemicaliën te omzeilen die zijn ontwikkeld als moderne pesticiden. Pesticideresistentie is daarom een genetisch gebaseerd fenomeen en treedt op wanneer een pesticide wordt gebruikt op een populatie met enkele individuen die genetisch gepredisponeerd zijn om resistent te zijn tegen dat pesticide. Herhaalde toepassingen en hogere behandelingspercentages zullen steeds meer van de plaag doden, maar resistente overlevenden zullen de resistentiegenen doorgeven aan de volgende generatie. Tenzij een ander behandelingsregime wordt gebruikt, zal de populatie steeds meer resistente plagen bevatten en waar de voortplantingspercentages hoog zijn, bijvoorbeeld bij insecten, zal de hele populatie snel resistent worden.
Zodra een plaag resistent is geworden tegen een bepaald pesticide, is het noodzakelijk om andere middelen te hebben om het te bestrijden. Eén methode is om een ander pesticide te gebruiken, met name een in een andere chemische klasse die een andere werkingswijze heeft tegen de plaag. Er moet echter voor worden gezorgd dat meervoudige resistentie, d.w.z. resistentie tegen verschillende klassen pesticiden, niet in de populatie wordt geïntroduceerd. De beste strategie is om te voorkomen dat er een resistente populatie ontstaat en hiervoor zijn verschillende procedures ontwikkeld. Er zijn verschillende beheerstrategieën aanbevolen om te voorkomen dat er resistente populaties ontstaan door het gebruik van pesticiden. De Amerikaanse EPA en de Canadese PMRA hebben een vrijwillig etiketteringsschema opgesteld, samen met aanbevelingen om resistentie te voorkomen, door gebruikers informatie te geven over de werkingswijze en de doellocatie.